株式会社商船三井，简称MOL（Mitsui O.S.K. Lines, Ltd.），是日本的大型海运公司，总部位于日本东京都港区。因为公司最早的源流为大阪商船，所以登记的总部地址为大阪市北区中之岛，是世界五百强企业。
商船三井与日本邮船及川崎汽船并称为日本三大海运公司，以纯利润及市价总值计算居日本第一位，而销售额则仅次于日本邮船。商船三井的主要源流有二，分别是成立于1884年的大阪商船和1942年的三井船舶，分属日本的两大财团住友财阀和三井财阀。1964年，大阪商船与三井船舶合并为大阪商船三井船舶株式会社，开创了日本跨财阀大公司合并的先例。1999年4月，大阪商船三井船舶与当时日本排名第四位的海运公司Navix Line合并，改名为商船三井。
不同于马士基等以集装箱运输为主的海运公司，商船三井的经营范围涉及到各个船种。截止到2008年3月底，共计拥有各类商船845只，5,434万重量吨，是世界最大的船队。同时商船三井拥有业界第一位的LNG船队，以及强大的干散货船和汽车滚装船，而集装箱运输领域则居世界10名左右。商船三井的集装箱是以鳄鱼扛集装箱为标志，是个明显而有趣的特征。
在2008年度《财富杂志》世界500强排名中，商船三井与马士基、日本邮船及中远集团作为仅有的四家国际航运企业入选。